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Bingham se communiqua avec Giesecke suite à ce premier contact avec Machu Picchu.
Giesecke raconta les faits à José Cosio, secrétaire de l'Université San Antonio de Abad de Cusco et professeur agrégé de la faculté de lettres en lui suggérant une expédition de vérification. Ce dernier se contacta avec Enrique Palma, mentionnant avoir visité Machu Picchu 10 ans auparavant, en 1902.

Ils se dépêchèrent de terminer les préparatifs de l'expédition universitaire de Cusco partant avec un cortège composé des organisateurs, secrétaire et M. Palma, des frères Justo et Luis Ochos accompagnés du Dr. Alberto López.

Menés par le Dr. Cosio, ils partirent en direction de la hacienda Qollpani, dans l'Urubamba, dont les Mrs. Ochoa étaient les copropriétaires. Ils se dirigèrent vers la contrée connue comme plage San Miguel, et commencèrent leur montée à Machu Picchu, ce 18 janvier 1912 au matin.

En dégageant les broussailles sur un des murs, ils prouvèrent l'existence de l'inscription laissée par Enrique Palma et 3 autres personnes en 1902. Palma s'y réfère qu'à cette époque ils rencontrèrent un propriétaire appelé Meza, travaillant les terres et certaines terrasses de Machu Picchu. Il payait 12 Soles d'Or aux propriétaires de la hacienda Cutija. Dix ans plus tard, les propriétaires de ces mêmes terres étaient Arteaga et Lizárraga, le premier à avoir conduit Bingham jusqu'à la ville 6 mois auparavant.

Fin juillet 1912, une nouvelle expédition composée d'une vingtaine d'universitaires arriva sur Machu Picchu, extrêmement motivés par les rapports du Dr Cosio. Parmi eux se trouvaient le recteur Alberto A. Giesecke, Romualdo Aguilar, professeur agrégé de droit et de nombreux autres enseignants et universitaires.

Il est étrange que ces expéditions nationales ne publient leurs expériences. Rafael Aguilar Páez affirme : " Le Dr Bingham découvrit Machu Picchu pour le faire connaître au monde culte, comme de nombreux autres qui le connurent pour lui donner un coup de main…(Aguilar Páez 1961 : p.63 ss.)

Il est possible que Bingham ait travaillé en silence les mois de juin, juillet et août 1912. Nous savons que les étudiants universitaires en expédition à Machu Picchu, trouvèrent Bingham dirigeant des excavations et reconnaissance de la citadelle, en première expédition organisée, après avoir fait connaître sa découverte à son pays d'origine, les États Unis.

Néanmoins, le rapport de Cosio est un ensemble de louanges à Bingham, aux assistants et autres personnes ayant travaillé sur la reconnaissance, en protégeant les intérêts nationaux.

Finalement la seconde expédition de l'Université de Yale et la Société Géographique Nationale de Washington se réalisa en 1915. Bingham installa son quartier général à Ollantaytambo et explora les voies d'accès de Rosaspata à Vilcabamba. Les collections archéologiques de diverses expéditions de Bingham se trouvent dans le Musée Peabody de l'Université de Yale.