Suite à la découverte de Machu Picchu, la Vitcos de ses rêves, Bingham sollicita un soutien économique à l'Université de Yale et la Société Géographique Nationale, qui lui fut accepté. Il employa un groupe d'archéologues et anthropologues (parmi lesquels nous citeront G. Eaton) pour faire des fouilles sur le site. Il retourna au Pérou mi 1912, pour travailler directement à Machu Picchu. En prouvant son désintérêt pour le passé inca, sous les auspices du Gouvernement Péruvien, Bingham obtint le 31 octobre 1912 l'autorisation d'exécution d'œuvres sur Machu Picchu. Il reçut le permis d'emporter les objets rencontrés durant ses travaux archéologiques aux États Unis. Selon l'article nº4 de cette autorisation Bingham pouvait faire sortir librement toutes les pièces obtenues pendant ses explorations, sous la condition de les rendre au Pérou sur simple pétition.
L'autorisation nommée " étiquette internationale " enfreignit des normes légales et causa un dommage irréparable à l'héritage culturel du Pérou.
Les activités de Bingham se produisirent au cours du premier gouvernement du président Leguía. Face à la complexité des problèmes politiques, économiques et sociaux du pays, ils ne rendirent pas compte de l'impact du pillage.
En ce temps, il n'existait pas de route, transport automobile ou avion, le voyage à Cusco durait de nombreux jours.
Hiram Bingham et son équipe travaillèrent intensément sur le parc archéologique de Machu Picchu pendant 5 ans, en fouillant pratiquement chaque mètre carré.
Sur ses lieux ils rencontrèrent des tombes anciennes, poteries, momies et dépouilles de 173 personnes avec leurs biens comprenant vêtements, aliments et ornements.
Cependant, selon le livre " The Lost City of the Incas " Bingham affirme qu'il ne trouva rien dans la citadelle, à part quelques ustensiles, des objets en épines végétales et quelques objets de cuivre. Suite à sa recherche minutieuse et tous les travaux réalisés il affirma n'avoir trouvé aucun métal précieux à Machu Picchu. Bingham écrivit que tous les objets rencontrés à Machu Picchu furent déposés à l'Université de Yale.
Aujourd'hui nous trouvons les objets rencontrés à Machu Picchu au Musée Peabody à Yale. L'exhibition comprend 10 pièces de poteries incas, 10 de métallurgie, 10 constructions en pierre, 3 tasses de bois, quelques vêtements et un ghipu Inca.
Bingham communiqua ses découvertes à travers de sa représentation diplomatiques, en cachant la réalité de ses succès. Il réalisa deux expéditions, mais de semblables cortèges de citoyens étrangers de l'expédition Bingham allant et venant à Cusco, ne purent passer inaperçus. Les autorités de Lima se rendirent compte. Malheureusement la réaction du gouvernement face aux faits fut si lente, que lorsqu'il tenta d'agir, il était déjà beaucoup trop tard.
Enrique Portuga, journaliste aréquipénien vivant en Argentine, dénonça dans les quotidiens et revues de Buenos Aires, l'inqualifiable pillage perpétué à Machu Picchu par Bingham au Pérou. Selon le journaliste, Bingham était " le pirate le plus dangereux, qui mit à pied Machu Picchu avec l'aide de certains et l'ignorance des autres. Lors du pillage de la Citadelle ils emportèrent de riches chargements d'objets en or, œuvres d'art aujourd'hui cachés dans différents musées américains et privés… "
Cette dénonciation n'est pas réfutée jusqu'à aujourd'hui.
Fin 1911, une manifestation eut lieu dans le village portuaire Mollendo, protestant contre la sortie du matériel archéologique, envoi de caisses scellées comme " sherds " qui en réalité contenaient des momies entières avec tout le trousseau funéraire et autres équipements. Il s'agissait du cinquième dépôt surveillé par des citoyens nord-américains, dirigé expressément par Bingham se chargeant de leur envoi à l'extérieur.
Cette manifestation se répéta en 1912, s'étendant alors aux villes de Puno et Arequipa. L'explorateur doit cesser ses activités. Le gouvernement péruvien se confronta à la demande de Bingham pour pouvoir continuer son projet.
Paradoxalement, le Musée de Site actuel, construit sur la rive gauche du fleuve Urubamba souffre de carence de matériel archéologique appartenant à la zone, et dispose seulement de photographies, calcaires, quelques objets, et des tableaux de faune et flore, seuls composants du patrimoine culturel. Le Musée Archólogique est victime de cette même pauvreté.
De l'autre côté, Bingham passa de l'explorateur inconnu à un statut socio-économique élevé suite au pillage de Machu Picchu. Il obtint des doctorats en histoire, agrégation à Yale et participa au gouvernement de l'Etat.
Actuellement, nous pensons que Bingham et ses activités sont les plus grands exemples de piraterie culturelle dont a souffert le pays.
Le présenter dans les textes nationaux comme découvreur de Machu Picchu est ainsi totalement remis en question.