La Guerre des Sangs
Cusi Topa Yupanqui était le dignitaire chargé d'executer les dernières volontés de Huyna Càpac et de conduire sa momie à Cusco. Il appartenait à la panaca de Pachacútec et était un proche de la mère d'Atahualpa.
Lors de l'arrivée du cortège funèbre à la capitale, les nobles chargés du voyage furent durement blamés par Huascar pour avoir laisser Atahualpa dans le nord. Il les accusa de conspiration. Leurs protestations et affirmation de leur innocence furent inutiles. Ils ne confessèrent rien, malgré la torture. Huascar ordonna leur condamnation, s'il leur pardonnait, ils resteraient pour toujours des ennemis dangereux. Les évenements deplurent aux seigneurs accompagnant Huayna Cápac, ils retournèrent à Quito sans attendre les cérémonies.
Pendant ce temps, Atahualpa se dirigea vers Tumibamba pour ordonner l'édification d'un palais pour Huascar. Cette attitude déplut au curaca de Tumibamba, appelé Ullco Colla. Il envoya des messagers secrets à Huascar, pour se plaindre du projet en insinuant une tentative de rébellion d'Atahualpa. Afin d'attirer la sympathie de Huáscar, le prince envoya de nombreux présents à Cusco. Mais l'Inca en colère tua les messagers, et ordonna la construction de tambours avec leurs dépouilles.
Des envoyés de Huascar prirent le chemin à Quito en emportant vêtements féminins et maquillage pour Atahualpa. Ces épisodes furent la cause de la rupture entre les deux frères. Atahualpa ne pouvait retourner à Cusco tel que l'ordonnait Huáscar, car une mort certaine l'y attendait.
Selon le chroniqueur Cobo, les généraux de Huayna Cápac restés dans le Nord poussèrent Atahualpa à la rébellion. Leur situation à Cusco avec Huascar, ne serait pas aussi favorable à leur jugement que celle avec Atahualpa dans le Nord.
Dans ces circonstances, les partisans de Huáscar profitèrent d'un manque d'attention d'Atahualpa pour l'emprissoner et l'enfermer. Durant la nuit, Atahualpa reussit à faire un trou dans la paroi grace à une barre de cuivre et s'échappa en silence. La légende raconte que le Soleil, son père, le transforma en amaru (serpent) afin qu'il puisse d'évader.
Une fois libéré, Atahualpa se dirigea vers Quito, où il rassembla une armée pour marcher sur Tumibamba. Après sa victoire il infligea une dure punition aux partisants de son frère. En chemin vers la Côte, il arriva à Tumbes. Il tenta de dominer les habitants de l'Ile de Punà et s'embarca sur de nombreux radeaux. Les habitants de Puná se montrèrent résistants et s'embarquèrent dans une bataille navale qu'ils gagèrent. Atahualpa, blessé à la jambe, décida de retourner à terre, et continuer jusqu'à Quito. Le curaca de Punà attaqua Tumbes et dévasta le village. Pizzaro trouva Tumbes dans cet état lors de son troisième voyage. De plus, il trouva sur l'île une soixantaine de prisonniers de Tumbes appartenanant aux troupes d'Atahualpa. Pendant que ce dernier commençait une rébellion ouverte contre son frère, Huáscar établissait son gouvernement dans la capitale. Il comptait avec le soutien de la noblesse et la classe dirigeante du Tahuantinsuyo. De caractère pusillanime, violent et cruel, il ne souciait pas de conserver son prestige.
Huascar ne portain pas l'attention habituelle aux ayllus réels, n'assistait pas au repas en public sur la place, où se renforçaient les liens de réciprocité et parenté.
Un autre motif de la colère de l'Inca était l'écartement des ayllus traditionnels de sa garde, pour les remplacer par des mitimaes chachapoyas et cañaris étrangers.
Puis Huáscar prononça son désir d'enterrer toutes les momies réelles, et d'enlever aux panacas leurs terres, richesses, serviteurs et femmes. Puis il prétendit passer au Camp de Hanan sur les terres basses de Cusco. Ces faits montrent montrent les extrèmes différences entre le souverain et la noblesse cusqueña qui avait été son plus grand soutien.
La situation d'Atahualpa est très distincte. La distance ne lui permettait pas de prendre part directement aux disputes de lignage. Les généraux de son père le soutenaient.
Le discrédit de Huáscar permittit aux membres les panacas de Hatun Ayllu, à laquelle appartenait Atahualpa, le maintien du pouvoir.
