La guerre
Petit à petit, les généraux de Huàscar se plièrent à la cause d'Atahualpa. Cette circonstance explique les échecs constants des armées de Huascar malgré leur grand nombre. Ainsi les généraux d'Atahualpa gagnèrent du terrain. Huascar fut forcé de prendre lui-même le commandement de ses troupes, comme les anciens souverains.
De son côté, Atahualpa marchait lentements vers le Sud, en laissant les commandes de guerre à ses généraux. A Huamachuco, il envoya deux émissaires pour consulter la célèbre huaca Catequil sur le déroulement de la guerre. L'oracle répondit qu'Atahualpa terminerait mal. Atahualpa furieux marcha jusqu'au lieu de l'oracle en brandissant son hallebarde en or. Un vieux prêtre vétu d'une large tunique blanche parsemée de coquillage sortit sur le lieu de rencontre. Sachant qui lui avait gaché le destin, Atahualpa le frappa fortement sur la tête, et lui rompit le cerveau.
Puis surgirent les nouvelles mentionnant l'apparition de personnes blanches, étranges et barbues, arrivant sur des maisons de bois flottant sur la mer.
Atahualpa ne se souciait pas de ces personnes qui arrivait pour la seconde fois sur ces domaines. A la première occasion ils partirent sans qu'il les ait vus. Par curisioté de voir des étrangers, Atahualpa ne prit pas les précautions recommandées par ses généraux, qui lui conseillèrent l'attaque en montagne. L'Inca offra aux étrangers des guides et aliments avec l'ordre de se diriger vers Cajamarca, où il se trouverait.
Pendant ce temps, les généraux d'Atahualpa continuaient à défier les troupes de Huáscar. Imprudemment, l'Inca se risqua dans une gorge étroite sans connaitre les positions ennemies. Les généraux expérimentés se rendirent comptre de l'imprudence, et enfermèrent Huáscar entre deux armées. Les troupes triomphantes d'Atahualpa avancèrent vers Cusco jusqu'à la montagne de Yavira.
Les panacas et lignages importants arrivèrent sur la montage et s'installèrent ; d'un côté les Hanan Cusco et de l'autre, les Hurin Cusco. Ils se prosternèrent face au frère, ou nouveau souverain, pour lui rendre hommage et le reconnaitre comme Inca.
Après un temps un proche du nouvel Inca, appelé Cusi Yupanqui arriva à Cusco.
Selon les chroniqueurs, il avait l'ordre de tuer les parents proches de Huascar, ses femmes et ses fils, de brûler la momie de Túpac Yupanqui. Bruler une momie ou corps d'un ancètre était la plus grande punition possible. La vengeance contre Cápac Ayllu, auquel appartenait Huáscar, montre que l'affrontement entre les deux frères était une lutte entre panacas rivales.