Picchu, une llacta inca
De nombreuses années plus tard, cette vallée était le dernier refuge des Incas de Vilcabamba qui résistèrent à la domination du pouvoir espagnol suite à la conquête de Cusco pendant quelques décennies.
Les llactas sont la meilleure preuve de l'esprit impérial des Incas et leur soif de dominer en permanence les nations conquises. Les llactas étaient de grandes assises construites sur la route du Cápac Ñan (réel chemin de l'Inca) dont le but était de contrôler et administrer l'économie des différentes régions conquises. Elles furent construites selon un ordre planifié pour répondre à la nécessité de contrôle et rétentions. A la base, les llactas étaient des localités bureaucratiques, où résidaient les administrateurs incas et tous les fonctionnaires de leur entourage accompagnés de leurs servantes et artisans.
Picchu (nom original de Machu Picchu) était une de ces llactas, jouant cependant un rôle spécial. Elle est l'unique construction cachée de Cápac Ñan, construite sur un lieu retiré et inexpugnable de la vallée de Tampu, sur les terres de la panaca de Pachacútec, fondateur du Tahuantinsuyo. De toutes les llactas, elle est la plus belle, car refuge et demeure de l'aristocratie la plus sélectionnée. Les chemins conduisant à Picchu étaient interdits d'accès au commun de la population, car sa localisation était un secret militaire. Les ravins profonds et montagnes escarpées étaient la meilleure défense naturelle.
Selon les vestiges trouvés dans la ville inca, la population était de milliers de personnes durant son apogée.
Comme dans toutes les llactas importantes, Picchu disposait d'un acllawasi - maison des élues -, un intiwatana - horloge solaire, marquant les saisons de l'année - kallancas - hangars des guerriers - bains et aqueducs, ainsi que de grandes surfaces pour la culture en terrasses.
80% des 135 momies (109 squelettes) trouvées au cours d'une excavation archéologique réalisé par l'expédition de Bingham, correspondaient à des femmes, laissant supposer l'existence d'aqllawasi - maison de femmes choisies par l'Inca- .
Ces femmes étaient considérées comme les épouses du Soleil, ayant fui Cusco avant l'arrivée des espagnols. Nous pouvons aussi penser que Picchu était exclusivement peuplée de femme.
De nombreuses études expliquent que l'héritage du trône était attribué au fils de l'Inca et de sa sœur, une grande partie de ses femmes étaient épouses de l'Inca.
Considéré comme Fils du Soleil, il était un dieu vivant. L'Inca vivait avec ses épouses dans sa propriété. L'Inca disposait de centaines de concubines.
Selon l'histoire, Wayna Cápac, père de Huàscar et Atahualpa avait plus de 400 enfants. Sa principale épouse devait être sa propre sœur afin de préserver le " sang du Soleil ".
Aujourd'hui, les raisons du dépeuplement de Machu Picchu restent inconnues, cependant de nombreuses hypothèses basées sur la logique existent.
Une option possible serait une épidémie poussant à l'abandon de la citadelle située en zone humide et peuplée d'insectes. Pendant les premières décennies du Xxème siècle de nombreuses épidémies telles que la malaria sévirent dans cette région.
Une autre possibilité suggère l'abandon et la fermeture de la citadelle suite à la mort du dirigeant. Mais elle reste très hypothétique car nous savons qu'elle fut habitée par au moins 3 générations incas.
Une autre hypothèse indique que les Antis - groupe amazonien - pires ennemis de l'Inca, arrivèrent à Machu Picchu et se livrèrent à une grande tuerie.
Il est évident que Machu Picchu fut fermée, abandonnée et oubliée jusqu'au premières années du Xxème siècle.
Cependant, il est fort probable, que suite à l'arrivée des conquérants espagnols et l'effondrement du plus grand empire de l'Amérique précolombienne, la ville perdit sa raison d'être. Atahualpa, le dernier empereur inca, une fois assassiné par Pizzaro, la nécessité d'un refuge pour les femmes choisies perdit son sens.
Les merveilleuses oeuvres architecturales et le génie hydraulique n'intéressaient pas les conquérants, ni les chemins en altitude ou en jungle s'ils ne servaient pas à conduire à l'or et minéraux précieux.
Ainsi Machu Picchu sombra dans l'oubli pendant 3 siècles.