Le vieux Cusco se dépeuple
Depuis les premières années de son gouvernement, Pachacútec se souciait de la reconstruction de Cusco. Le chroniqueur Sarmiento de Gamboa raconte que l'Inca se promenait dans la ville en regardant attentivement son entourage.
Selon ses désirs il décida de dépeupler Cusco de ses habitants en élaborant un nouveau schéma de répartition de solaires et terrains aux personnes auxquelles il permettait de vivre dans sa capitale.
Ficelle en main, l'Inca mesura les rues et terrains à la grande satisfaction des panacas, lignages réels, et des anciens ayllus, gardiens du souverain.
Avant cela, Cusco était un trou rustique souvent inondé par ses deux petits fleuves, le Huatanay et le Tulumayo.
La reconstruction débuta par la canalisation des cours d'eau afin d'éviter les marécages durant la saison des pluies, et favoriser l'approvisionnement en eau. Betanzos raconte le processus de réparation de Cusco. Pachacútec convoqua les principaux curacas et les autorités andines à la capitale. Suite aux fêtes habituelles, ils décidèrent l'envoi de 10 seigneurs avec pour mission d'aller aux villages à la recherche de vivres et carrières adéquates.
Tous les problèmes une fois résolus, les hommes envoyèrent des travailleurs à Cusco. La fonction de certains était le transport de lourdes pierres pour les ciments, d'autres emmenaient de la boue mélangée à de la paille ou de la laine pour produire de l'adobe, d'autres rassemblaient du bois d'aulne. L'architecte Gasparini suppose la venue des tailleurs de pierre du Collao, héritage des anciens Tiahuanacotas.
Les activités religieuses et sociales se déroulaient sur les places incas très amples, de forme trapézoïdale. Les rites de remerciements s'effectuaient sur la place de Aucypata, où les ayllu et lignages réels se réunissaient pour manger, boire et danser lors des cérémonies du calendrier inca.
Sur cette même place se célébrait le triomphe des armées incas, fête consistant à répartir le butin amassé sur les prisonniers sur le sol. Le souverain se promenait sur tout ceci en signe de soumission à ses ennemis et pouvoir sur ses nouvelles acquisitions territoriales.
Le Coricancha
Pachacutec mis tous ses efforts dans la reconstruction du sanctuaire de l'Inti Cancha ou Enceinte du Soleil, très pauvre avant cela. Les parois furent polies avec des pierres taillées et les ornements un gaspillage d'or. Les premiers espagnols qui virent ce sanctuaire racontent qu'il y trouvèrent un jardin aux plantes, fleurs, oiseaux et insectes faits de métaux précieux.
Les pièces principales du sanctuaire étaient dédiées l'une au Soleil, les autres à la Lune, au Tonnerre et l'Arc-en-ciel, toutes reliées au jardin en or. Certains rapports disent que le Soleil était représenté sur une paroi par une planche ovoïde en or, alors que Garcilaso mentionne un visage.
Les momies des anciens souverains étaient conservées dans le temple et emmenées sur la place pour les grandes cérémonies. Les dépouilles des collas ou reines appuyées sur les flancs de la callanca se trouvaient dans l'enceinte de la Lune. Selon la mère de Huyna Cápac, Mama Occlo regardait l'astre nocturne de face.
Changements religieux
La majorité des chroniqueurs mentionnent des changements religieux suite à la guerre contre les chancas. Il paraîtrait que les principaux prêtres soutenaient la fuite de l'Inca Viracocha, prêts à se soumettre aux ennemis.
La situation devint désagréable pour les prêtres suite au triomphe de Cusi Yupanqui, le futur Pachacútec. Le jeune prince avait besoin d'un père pour le nommer nouveau souverain. Face au refus de Viracocha de mettre les pieds sur les dépouilles des prisonniers, Cusi Yupanqui se dirigea vers le temple de l'Inti Cancha et demanda directement au Soleil son consentement. Dès lors, les souverains se considéraient Fils du Soleil.
Le changement religieux se produisit ainsi. Avant cela seul comptait le culte au Dieu Viracocha disposant d'un temple sur l'état inca, maintenant l'influence du Dieu Soleil était la plus puissante.
Ces nouveaux faits n'affectèrent pas la vénération des huacas multiples, apus ou idoles existantes. Pachacutec souhaitait que les principales huacas restent à Cusco, en leur conférant serviteurs, terres et biens. Ainsi il contrôlait les possibles rebelles, qui ne soulevaient jamais de peur de représailles exercées sur les idoles.