La question la plus fréquente reste : comment 150 a 180 espagnols ont pu conquérir si la facilement la civilisation inca comptant entre 12 et 16 millions de personnes. Nous savons maintenant que la conquête n'était pas la conséquence de leur pouvoir physique ni leurs connaissances privilégiées, seulement qu'a l'arrivée des espagnoles les Incas étaient en guerre civile sanglante.
Cusco a toujours été la capitale du Tahuantinsuyo. Son monarque légitime était Túpac Kusi Wallpaq, connu comme Waskar ou Huáscar. Son frère, appelé Atahualpa, voulait usurper la grande charge à Tumipampa, aujourd'hui Cuenca de l'Équateur, oú il se fit couronner comme nouvel Inca. Atahualpa et Huáscar se livrèrent à de terribles batailles. Durant cette situation, les Espagnols arrivèrent sur les côtes péruviennes et entrèrent dans la ville de Cajamarca en novembre.
Les espagnols capturèrent Atahualpa, qui pendant son incarcération ordonna la mort de Huascar et de tous les cusquéniens " orejones ".
Lorsque les Espagnols prirent connaissance de ces faits, ils accusèrent Atahualpa et la condamnèrent à la peine de mort. Suite a l'assassinat, les Espagnols se dirigèrent vers Cusco, ou ils pensaient être bien reçus suite a l'élimination du traître du véritable Inca.
Ils furent acceptés par la noblesse et bienvenus à la capitale de l'empire. Les habitants leur firent connaître tous leurs biens : palais, temples, villages et villes, mais ils ne perdirent pas un mot sur Machu Picchu, ville spéciale et confidentielle, qui d'un autre cote était perdue et oubliée. Ainsi les Espagnols ne furent jamais informés de l'existence de Machu Picchu.
Le 15 novembre 1532, les Espagnols armés de chevaux et canons mirent fin au Tahuantinsuyo. Ce jour, l'Inca Atahualpa atterrit dans une embuscade sur la place de Cajamarca et fut emprisonné par les Espagnols. Le semi-dieu fut humilié devant la multitude, pendant que la mascapaicha sacrée fut traînée au sol. Suite a sa mort présumée entre le 8 juin et le 29 juillet 1533, la cohésion politique du Tahuantinsuyo fut détruite.
Le résultat fut tel un exploit, car les Espagnols contèrent avec la collaboration du camp de Huáscar et de nombreux seigneurs de la région, avec des milliers de combattant mécontents de la domination inca.
