Machu Picchu se trouve en région de Haute Jungle ou "Ceja de Selva".

Cette zone de grande hétérogénéité environnementale, su relief abrupt et variété climatique favorisent l'existence de nombreuses zones de vie selon le système de classification de Holdridge entre 2000 et 6000 mètres.

Le Sanctuaire dispose d'une écologie très diverse et complexe, incluant 10 zones de vie, depuis les bois secs en vallée - jusqu'aux cimes de la cordillère. En thermes d'altitude, nous partons de 1725 mètres, niveau du fleuve Urubamba, jusqu'à 6271 mètres, sommet du glacier Salcantay. Ces variations géographiques et la topographie singulière rendent possible l'existence d'une grande diversité de flore et faune sauvage.

La grande biodiversité de l'ensemble est caractérisée par les différents types d'écosystèmes présentant leur plus grande richesse dans les zones humides de forêt.

Les espèces de faune et flore registrées représentent un grande proportion du total du pays, auxquelles s'ajoutent les espèces en voie de disparition, dont 10 à 20% sont en grand danger d'extinction.

FLORE

Les diverses conditions environnementales ont permis le développement d'une flore très diverse variant depuis les bois denses de haute jungle aux sommets des montagnes.

Les exubérantes forets de brouillard couvrant les versants abrupts marquent le cadre ce lieu magique, refuge d'innombrables espèces de sauvage, telles qu'orchidées, broméliacées, et fougères. Dans un lieu situé entre Wiñay Wayna et la ville inca de Machu Picchu, se trouvent 90 espèces de flore dont le diamètre dépasse les 10 cm, nombre des plus importants en haute jungle. Pour cette raison, Machu Picchu est défini comme paradis des botaniques.

En foret, la végétation est représentée par des espèces de bois telles que le cèdre, le romarin, le laurier etc… De plus les types d'arbuste tels que la Qeuña (Polylepis racemosa), la Muña (Minthostachys glabrescens), Ocotea, Pedocarpus, Guarea, Weinmania, Clusia, Cedropia, Cinchena y la Eritrina o Pisonay (Erythrina falcata) parmi d'autres. Nous trouverez également de nombreux types de bégonias et piques.

Parmi la flore caractéristique, la plus intéressante est l'orchidée, dont nous dénombrons plus de 30 types et 350 espéces, certaines en voie d'extinction.

FAUNE

La faune de Machu Picchu est abondante et diversifiée. Habitat de créatures spectaculaires, certaines en voie d'extinction.

Nous trouverons l'ours a lunettes (oso de anteojos), ours andin ou ucumari (Tremarctos ornatus), l'étrange cerf nain (Mazama chunnyi), la sachacabra (Pudu mephistopheles), pour laquelle le gouvernement du Pérou a déclaré la zone comme Aire Naturelle Protégé.

Il existe de nombreuses especes de mammiferes, telles que le pumo (Puma concolor), le renard andin, la loutre de fleuve, la tanka taruca, le chat sauvage et le furet.

Parmi les reptiles nous trouvons le jergon bothrops et le corail micrucus au venin dangeureux ; des lézards, grenouilles, quiropteres et la nombreuse faune andine et amazonienne, faisant du Sanctuaire un lieu d'observartion et d'études, supplément attractif pour les touristes et chercheurs.

Parmi les 423 especes d'oiseaux enregistrées nous trouvons le Gallito de las Rocas (Rupicola peruviana) - oiseau national du Pérou - , le quetzal (Pharomacrus auriceps), la dinde de montagne (Penelope montagnii), le condor (Vultur gryphus), le cara-cara, les pics-verts, le canard des torrents (Merganetta armata) et un oiseau tres rare: le Cucarachero Inca (Thryothorus eisenmanni), des perroquets et autres oiseux mineurs aux coloris variées.