
Malgré le fait qu'il s'agisse d'un des monuments incas les plus importants, nous ne savons toutefois que très peu sur Machu Picchu. Il reste de très nombreuses questions qui resteront sûrement pour toujours sans réponse : De quoi s'agissait-il ? Quelle était sa fonction ? Quand fut-elle construite ? Pourquoi fut elle abandonnée ? Pourquoi les conquérants n'ont-ils jamais rien su de Machu Picchu ? Était-elle habitée les années suivant l'arrivée des Espagnols à Cusco ? parmi tant d'autres….
Sa localisation stratégique laisserait croire à une fonction militaire, un bastion de défense, une ligne de rétention contre de possibles attaques des " antis ", natifs de la région ou un point d'avancement vers la conquête de la jungle ou Antisuyo.

Nous croyons également qu'elle était le lieu de repos préféré de l'Inca, ou sanctuaire majeure érigé en honneur à l'Inca Pachacutec, qui sauva les cusquéniens de l'invasion Chanca. Ou, comme surgit de la découverte d'un cimetière exclusif de femmes, demeure secrète des acclas, ou véritables vierges dédiées au culte et service de l'Inca.
Selon Luis Valcárcel, Machu Picchu aurait pu être Vitcos, la forteresse légendaire veillant sur Vilcabamba, pour la ressemblance des mots quechuas picchu et vitcos ou pitcos.
Pour Luis Miguel Glave et María Isabel Remy, Machu Picchu correspond à l'assise Picho, mentionnée dans un document ancien découvert dans l'Archive Historique de Cusco, correspondant aux biens immobiliers du souverain Pachacutec.
Pour Hiram Bingham, Machu Picchu aurait pu être Tamputoco, le berceau mythique de l'élite inca. Après, il changea d'opinion et soutenu qu'il s'agissait de Vilcabamba, lieu de refuge de Manco Inca et sa dynastie suite à sa tentative de vaincre l'invasion espagnole.
De plus, il affirma que les nombreuses tombes de femmes découvertes appartenaient aux acclas ou dames choisies, qui fuirent la ville de Cusco, lorsque apparurent les Espagnols. Elles se cachèrent dans ce lieu secret pour perpétuer les anciennes coutumes et rites
Finalement Machu Picchu servit de refuge à une partie de l'aristocratie inca, après la conquête espagnole de Cusco en 1532. Eloignée de toute route d'accès et pour ne pas être un centre agricole productif, elle ne fut pas connue par les Espagnols qui n'ordonnèrent pas sa destruction. Suite à la capture du dernier Inca rebelle, Tupac Amaru, elle a due être abandonnée. Il n'y avait plus de raison d'y vivre.
Mais il n'existe pas d'information concrète sur sa fonction. Elle ne figure dans aucune chronique de 16ème siècle. Il ne s'agit que d'hypothèses et suppositions. Depuis la connaissance de son existence, Machu Picchu reste une énigme archéologique.
Sa découverte ne donna lieu qu'à un mystère supplémentaire…
Machu Picchu est sans aucun doute une des merveilles archéologiques les plus importantes du monde. Non seulement parce qu'elle fut édifiée dans une zone abrupte, difficile d'accès, mais sinon car il s'agit d'une des rares œuvres architectoniques en pleine harmonie avec la nature environnante.
Ces œuvres sont un joyau de l'humanité, seulement comparables aux autres sept merveilles du monde.
Pour l'homme d'aujourd'hui, la construction de la majestueuse citadelle aurait été un défi insurmontable.