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En passant le Secteur Agricole, vous arriverez à la Fosse Sèche servant de protection à la Citadelle de Machu Picchu. Comme mentionné, la Citadelle était le lieu de résidence de l'Inca et sa panaca, la famille réelle, la noblesse et les prêtres. La fosse était un élément de sécurité en temps de guerre, le résultat de la planification des architectes incas.

Au sud du Temple des Trois Fenêtres vous observerez un petit groupe d'édifices de deux wayranas. Ils sont composés de seulement trois parois, partagent un mur central qui en même temps les divise. Une colonne soutenant les poutres du temple sert de paroi frontale. Il comprend certaines pièces aux pierres sculptées ressemblant à des autels.
Le Condor, situé au sud-est des mortiers, est un des secteurs les plus fascinants et énigmatiques de Machu Picchu. Le Temple du Condor possède une forme de labyrinthe, dans la partie la plus basse, vous admirerez une sculpture de granite représentant un condor andin. Les ailes sont symbolisées par deux grandes pierres.

Il s'agissait d'un lieu sacré, destiné au culte de l'Apu Kuntur (le dieu Condor). Nous devons préciser que le Condor appartenait aux 3 animaux sacrés de la société inca, avec le Puma (puma ou lion de montagne) et le Serpent. Sa présence était strictement religieuse. Le Condor est aujourd'hui encore une divinité spéciale des régions andines. Dans les zones montagneuses du Pérou, les habitants de petits villages andins aux croyances ancestrales, célèbrent tous les ans une fête appelée Yawar Fiesta ou Festivité du Sang (voir le chapitre du Condor andin) en hommage au Condor.
D'autres auteurs affirment que ce lieu était Les Prisons de Machu Picchu. On y trouvait des pumas, peut-être même des serpents. Les personnes emprisonnées mouraient pour un des animaux sacrés pour être finalement dévorées par un rapace, comme le Condor.

Nous croyons qu'il existait deux types de châtiments. Au-dessus de l'aile gauche du Condor se trouvent deux niches dotées de petits trous dans la porte, ayant servi à lier les mains des personnes condamnées. Les autres niches se trouvant plus haut, sur la paroi arrière, disposaient d'un trou, dans lequel s'introduisait le condamné, le visage dirigé vers les ouvertures supérieures pour pouvoir respirer et manger.

Ce secteur était complémentaire au Temple du Condor. Il était sûrement utilisé pour des actes rituels et non en tant que prison, bien qu'il soit appelé ainsi aujourd'hui.