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Luego de este primer contacto con Machu Picchu, Bingham se comunica con Giesecke, quién cuenta el acontecimiento a José Cosio, secretario de la Universidad San Antonio Abad del Cusco y catedrático de la Facultad de Letras, sugiriéndole organizar una expedición comprobatoria. Este último se contacta con Enrique Palma, quien le refiere haber visitado Machu Picchu 10 años antes (1902).

Apresuran los preparativos de la Expedición Universitaria cusqueña, partiendo con una comitiva compuesta, además de los organizadores, secretario y Sr. Palma, por los hermanos Justo y Luis Ochoa, acompañados, entre otros, por el Dr.Alberto López, quien años después fuera General de Sanidad, contando en ese entonces con doce años de edad.
Encabezados por el Dr. Cosio, salieron con rumbo a la hacienda Qollpani, en el Urubamba, cuyos copropietarios eran los señores Ochoa. De allí se trasladaron al paraje conocido como playa San Miguel e iniciaron el ascenso a Machu Picchu en la mañana del 18 de enero 1912.

Desbrozando la maleza de uno de los muros pudieron comprobar la existencia de la inscripción dejada por Enrique Palma y otras tres personas en el año 1902. Allí, refirió Palma, que en aquel tiempo encontraron un arrendatario de apellido Meza, sembrando en chacras y algunas terrazas de Machu Picchu, quien informó pagar doce Soles de Oro a los propietarios de la hacienda Cutija. Diez años más tarde los arrendatarios de esas mismas tierras eran Arteaga y Lizárraga, siendo el primero quien condujo seis meses antes a Bingham hasta la ciudad.

A fines de julio de 1912 y altamente motivados por los informes del Dr. Cosio, llegó a Machu Picchu una nueva expedición formada por una veintena de universitarios cusqueños, entre los que se cuenta el Rector Alberto A. Giesecke, Romualdo Aguilar, catedrático de Derecho Procesal y varios más entre profesores y alumnos.

Lo extraño de estas expediciones nacionales es que no publicaron sus experiencias. Quizás tenga razón Rafael Aguilar Páez cuando afirma que "El Dr. Bingham descubrió Machu Picchu y lo conoció para hacerlo conocer al mundo culto, como otros muchos lo conocieron para su propio capote.. ..(Aguilar Páez 1961:p.63ss.) Es posible que Bingham hubiese trabajado silenciosamente los meses de junio, julio y agosto de 1912. Se sabe que estudiantes universitarios en expedición a Machu Picchu, encontraron a Bingham dirigiendo excavaciones y reconocimiento de la Ciudadela con primera expedición que había organizado, luego de dar a conocer su descubrimiento en su país de origen, Estados Unidos.

No obstante, el informe de Cosio es un cúmulo de alabanzas a Bingham, asistentes y demás personas participantes en aquellos trabajos de reconocimiento, recomendando cautelar los intereses nacionales.

Finalmente, en 1915, se realizó la segunda expedición de la Universidad de Yale y la Sociedad Geográfica Nacional de Washington. Bringham estableció su cuartel general en Ollantaytambo y exploró las vías de acceso de Rosaspata en Vilcabamba. Las colecciones arqueológicas de las varias expediciones de Bingham están en el Museo Peabody de la Universidad de Yale (Rowe - 1959: pag.8).