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Resulta evidente que Machu Picchu fue una construcción planificada con sumo cuidado, diseñada minuciosamente para compenetrarse con el paisaje natural. Es el resultado de un conjunto de experiencias únicas, donde la obra del hombre se confunde y se integra exitosamente con la naturaleza. La irregular topografía fue transformada en terrazas con fines agrícolas y urbanos, mimetizándose con el entorno, pero también muestra por lo menos dos docenas de rocas, que a manera de maquetas representan la topografía circundante.

Al norte, frente a la ciudadela, se levanta la cumbre del Huayna Picchu o Huaynapicchu o Waynapicchu, al sur linda con el Cutija, al este con el Putucusi y al oeste con el valle de Ccollipani. Entre Machu Picchu y Huayna Picchu el torrentoso río Urubamba corre encañonado, con rumbo hacia el oriente, unos 400 mts. bajo el nivel de la ciudadela. La belleza del paisaje rodea Machu Picchu. Es un plus de la naturaleza que resalta su importancia arqueológica.

Teniendo como fondo el Huayna Picchu, las ruinas se dividen en cuatro sectores.

Al NO se ubica lo que probablemente constituía la zona religiosa principal, incluyendo la plaza llamada por Hiram Bingham "Plaza Sagrada", el templo de las "Tres Ventanas", el "Templo Sagrado", la "Mansión Sacerdotal" y el "Intihuatana", bloque de piedra labrada de carácter religioso, típico de la religión incaica. El intihuatana (lugar donde se amarra el sol) es un observatorio solar, que permitía medir las estaciones del año y el transcurso del tiempo, sobre la base de las proyecciones de sombras.
Al NE se ubican la mayor parte de las residencias, siendo éstas las más espaciosas.
Al SO se encuentran las moradas de más cuidada construcción y la Torre o Torreón, conjunto que probablemente se podía considerar como el centro de la vida ciudadana.
Al SE, la parte inferior de Machu Picchu, se ubican las residencias más humildes separadas por estrechas callejuelas. Numerosas terrazas o andenes para los cultivos, comunicados por un complejo sistema de canales artificiales para la irrigación. Las escalinatas en esta zona tienen un perfecto acabado. En la parte inferior de los andenes se ubica el cementerio.

El Mausoleo Monumental es un bloque pétreo, cuyo interior abovedado, de paredes labradas, era utilizado para ritos o sacrificios.
Dentro de la ciudadela existió un sector destinado a la cárcel, en donde se aplicaban castigos a los presos, dentro de nichos de roca.

En la zona de habitaciones, existió un sector para la nobleza, grupo de casas situadas en hileras sobre una pendiente; la residencia de los Amautas (sabios) caracterizada por sus muros de color rojizo, y la zona de las Ñustas (princesas) con habitaciones de forma trapezoide.

En tiempos incaicos se accedía a Machu Picchu por un camino, el actual Camino Inca o Inca Trail, que une Cusco con Machu Picchu y en el que se encontraban sucesivamente las localidades de Patallacta, Huallabamba, Runku Rakay, Sayacmarca, Phuyu Pata Marca y Huiñay Huayna, cuyas interesantes ruinas de estilo típicamente incaico subsisten aún hoy.

Desde Machu Picchu también se puede emprender una maravillosa y emocionante caminata, a través de un camino de herradura, muchas veces al borde del precipicio hasta la cima del Huayna Picchu, ubicado en la zona NO de la ciudadela, desde donde se logra una vista de inimaginable belleza, y tener la sensación de estar cerca de los dioses que acompañaron a los Incas. En el camino podrá observar grutas naturales, cavernas talladas, terrazas y escalinatas muy empinadas, que fueron talladas en la roca por los antiguos incas. Destacan los tallados en las rocas, las tumbas y mausoleos que se ubican en los márgenes de este camino. En la cima, existen muros semicirculares y andenerías.