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Pasando del Sector Agrícola al urbano hay un gran Foso Seco, que sirvió para proteger la Ciudadela de Machu Picchu. Como se ha mencionado, la Ciudadela era un lugar residencial del Inca y su panaca, la familia real, la nobleza, sacerdotes, etc. Así, la necesidad de contar con elementos de seguridad para los tiempos de guerra, como es el Foso, no es más que un reflejo de la planificación en esta materia que los arquitectos incas consideraron.

Hacia el sur del Templo de las Tres Ventanas hay un pequeño grupo de edificios muy interesantes, de dos wayranas, que tienen simplemente tres paredes, pero que comparten una pared central que a su vez los divide. En lugar de una pared delantera pusieron una columna que diera apoyo a las vigas del techo. En este complejo hay también algunos otros cuartos que tienen el mismo acabado, con piedras esculpidas que parecen altares. Uno de los sectores más fascinantes y enigmáticos de Machu Picchu es el del Cóndor, localizado hacia el sudeste de los Morteros. El Templo del Cóndor tiene la forma de un laberinto en el que, en la parte más baja, hay una escultura en un afloramiento de granito con la forma de un Cóndor andino. Hay dos piedras grandes que lo rodean en el que se representan las alas. Es obvio que este fue un lugar sagrado, construido con el propósito de rendir culto al Apu Kuntur (el Dios Cóndor). Vale aclarar que el Cóndor era uno de los tres animales sagrados de la sociedad inca, junto con el Puma (puma o león de la montaña) y la Serpiente. Por consiguiente, su presencia era estrictamente religiosa. El Cóndor era, y todavía lo es, una divinidad especial en las regiones montañosas de los Andes, por lo que existieron para rendirle culto. Sin embargo, hoy, el habitante de pequeños pueblos de los Andes, en las regiones montañosas de Perú donde todavía se conservan creencias ancestrales, se lleva a cabo anualmente una festividad llamada Yawar Fiesta o Festividad de Sangre (ver capítulo del Cóndor andino). En ella, se rinde culto a un Cóndor. De otro lado, algunos otros autores dicen que este lugar era la Cárcel de Machu Picchu, pues en este lugar había pumas, quizás también serpientes, para que aquellos que fueran castigadosfueran muertos por alguno de los animales sagrados y finalmente devorados por aves de rapiña, entre ellas, el Cóndor.

Se cree que existieron dos tipos de castigos extremos, por lo que los nichos con pequeños agujeros en sus puertas, que se encuentran por encima del ala izquierda del Cóndor, habrían servido para ligar las manos de los castigados. Es más, se dice que los otros nichos más altos, en la pared trasera, tenían una apertura pequeña que habrían sido utilizadas para otro cruel castigo, en el que el castigado se introducía en el nicho, cerrado con el castigado dentro, y con la cara de éste hacia las aperturas superiores, que habrían servido sólo para respirar y consumir sus alimentos. En tiempos Incaicos este sector era complementario al Templo del Cóndor y, debido a su situación y características, debió ser utilizado para actos rituales y no como una "cárcel", aunque así sea llamado hoy día.