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A este sector, marcadamente separado del anterior por un gran muro perimétrico, se accedía a través de una hermosa portada lítica de doble jamba - detalle arquitectónico propio del estilo constructivo inca- donde desemboca el camino que venía desde la ciudad del Cusco. Este sector está compuesto por 172 recintos de distintas formas y tamaños, comunicados por 109 escalinatas que permitían transitar por las escarpadas laderas.

Los barrios
Los recintos están organizados en forma de "barrios", cada uno con funciones específicas de acuerdo a sus características formales y a las evidencias culturales encontradas en las excavaciones. Por ejemplo, un sector estaba destinado para depósitos, sin duda, de las cosechas del maíz o de la coca que se producía en las terrazas agrícolas.

Otro sector llama la atención más bien por la cantidad de morteros de molienda (16), probablemente para la fabricación de la chicha (cerveza de maíz), tan utilizada aún hoy en el mundo andino para las festividades religiosas. Un tercer sector está conformado por las viviendas de las personas que habitaban en el lugar con el fin de realizar actividades productivas especializadas, cultos religiosos o la administración de la producción agrícola.

Los acabados
Algunos recintos sobresalen por el precioso y fino acabado de sus muros, comparables con las exquisitas construcciones existentes en el Cusco, como el Coricancha o el Acllahuasi. Estos fueron, quizá, los edificios más importantes del lugar.

La gran plaza y los espacios sacramentales
Los recintos se complementan con una gran plaza pública en el centro del sector urbano, así como con dos plazas menores. Existen también unos edificios de evidente función ceremonial, que completan el sector urbano. Destacan sobre todo el Templo de las Tres Ventanas y el Intihuatana (5), piedra esculpida específicamente para realizar observaciones astronómicas y medir el tiempo. También se encuentra aquí un complejo sistema ritual de baños y fuentes de agua. Resulta innegable que Machu Picchu contiene una serie de construcciones y paisajes que tuvieron un carácter sagrado que ponen en evidencia las creencias incaicas.

Es la ciudadela propiamente dicha un reflejo de sus creencias. Tiene trazo en forma de "U". Consta de dos series de edificaciones que están al borde del precipicio a cada lado de la plaza o Chaupipata, la cual tiene un eje norte-sur. En el sector urbano existen varios templos, conjuntos de habitaciones y talleres. Machu Picchu alberga los mayores elementos arquitectónicos de una ciudad, donde se observa el talento, esmero y calidad de los constructores prehispánicos, ya que son en su totalidad de granito, roca de bastante dureza muy diferente a las utilizadas en Cusco.

Las construcciones que más destacan son las siguientes.