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A pesar de ser uno de los monumentos incaicos más importantes, todavía es muy poco lo que se conoce de Machu Picchu. Aún quedan muchas interrogantes que probablemente jamás obtengan respuesta alguna. ¿Qué fue?, ¿cuál era su función?, ¿cuándo fue construida?, ¿por qué fue abandonada?, ¿por qué los conquistadores españoles nunca supieron de Machu Picchu?, ¿siguió habitada incluso muchos años después de la llegada de los españoles al Cusco?, y tantas preguntas más.

Por un lado, debido a su estratégica localización podría haber desempeñado una función militar, un bastión de defensa, una línea de contención contra posibles levantamientos de los "antis" o nativos de esa región o un puesto de avanzada hacia la conquista de la selva o Antisuyo.

También se cree que fue lugar predilecto de descanso del Inca, o santuario mayor erigido en honor al inca Pachacutec, quien salvó a los cuzqueños de la invasión Chanca. O, como surge del descubrimiento de un cementerio exclusivo de mujeres, morada secreta de las acllas o vírgenes reales dedicadas al culto y al servicio del Inca. Según Luis Valcárcel, Machu Picchu pudo ser Vitcos, la legendaria fortaleza que custodiaba Vilcabamba, atendiendo al parecido que presentan los vocablos quechuas picchu y vitcos o pitcos.

Para Luis Miguel Glave y María Isabel Remy, Machu Picchu corresponde al asentamiento Picho, mencionado en un antiguo documento que hallaron en el Archivo Histórico del Cusco y, por la tanto, habría estado ubicado en los predios del soberano Pachacutec.

Para Hiram Bingham, Machu Picchu pudo haber sido Tamputoco, la cuna mítica de la élite incaica. Posteriormente, cambió de opinión y sostuvo que podría corresponder más bien a Vilcabamba, lugar donde se refugió Manco Inca y su dinastía luego de su intento de batir a los invasores españoles. Además, propuso por las muchas tumbas de mujeres halladas, que los últimos ocupantes fueron acllas o doncellas escogidas, que huyeron del Cusco al presentarse los españoles y se ocultaron en este apartado lugar para perpetuar las antiguas costumbres y ritos.

Finalmente, se dice que Machu Picchu cumplió con la razón para la que fue construida. Sirvió como refugio a una parte de la aristocracia inca, después de la conquista española del Cusco en 1532. Al estar Machu Picchu alejado de toda ruta y no ser un centro productivo agrícola imporatnte, no fue conocido por los españoles, por lo que no recibió el embate directo y destructivo de los nuevos conquistadores. A la captura del último Inca rebelde, Tupac Amaru, debió ser abandonada, pues ya no había razón para seguir viviendo en ella.

Pero, nada hay concreto en torno a su función. Ninguna crónica del siglo XVI habla de ella. Todas son apenas hipótesis y suposiciones. Desde que se supo de su existencia, Machu Picchu no ha dejado de ser un verdadero enigma arqueológico. Su descubrimiento sólo abrió un misterio más para las ciencias arqueológicas.

Es indudable , sin embargo, que Machu Picchu constituye una de las maravillas arqueológicas más importantes del mundo, no sólo porque fue edificada en una zona abrupta, de difícil acceso, sino porque es una de las pocas obras arquitectónicas que se armonizan plenamente con la naturaleza del lugar. Queda claro que estas ruinas son una joya de la humanidad, sólo comparables con las otras siete maravillas del mundo. Debe haber sido todo un reto, para los hombres de entonces, edificar la majestuosa Ciudadela de Machu Picchu.